分实验室和部分科研实验室全天候向学生开放，学生以科研项目为中心组成课外科技小组，学校专门拨出经费并配备指导教师，支持鼓励学生开展课外科技活动。99年南京大学投入160万元重点建设了5个南京大学学生创新基地，结合全国大学生“挑战杯”课外科技成果竞赛活动，每年规划一批学生科研课题，并给予一定经费资助，各院系指派有较强科研能力的教师作为指导老师，学生课外科技研究小组往往由不同年级的学生，包括硕士和博士生组成，一些研究小组的成员甚至来自于不同的学科背景，这些项目通过1-2年的研究，一般都能获得较好的科研成果。有许多成果转让给企业，获得很高的经济效益。
例如2000年南京大学参赛第六届全国大学生“挑战杯”课外学术科技大赛的六件作品中，有五件作品获奖，其中有三件作品由于科技含量高，应用前景广，被江苏3家企业看中以高价买走。获得一等奖的“体内可降解吸收医用高分子材料及其制品”由南京协和塑胶有限公司以500万元另加20%的技术参股买断。获得二等奖的“运动车辆多媒体自动捕捉记录系统”被扬州国脉通信息有限公司以580万元买走，另一项二等奖作品“电动自选车综合测试仪”技术则以300万元转让给南京天地集团公司。
为了使学生具有较高的素质和创新能力，南京大学着重抓了以下三个主要环节：
一是强化基础，拓宽知识面。坚实的基础理论、基础知识以及宽广的知识面是创新的“基石”。基础性人才的培养按学科群设置基础课，鼓励学生交叉选课，构建有特色的知识结构。
二是多次选择，逐步定位。在大学期间应该给学生提供不断选择的机会，以最佳地选择切合自己发展的方向，充分发挥学生的个性，另外，选择的本身就是一种能力的培养和提高。基础学院学生进校第一年为大理科和大文科公共基础课阶段。第二年起，学生进行第一次选择，分为数理类、化生类、地学类和文史类，重点加强学生的学科群基础知识。第三年学生根据自己的志向和兴趣第二次选择，分流进入一级学科方向。第四年学生进行第三次选择，选择导师进入重点学科、重点实验室，在资深导师指
