华慈善总会从排名前100名的捐赠者中提名,每届任期五年。董事会主席由第一名担任，副主席由第二至十一名担任。主席任期一年，卸任后为名誉主席，参加董事会议。
董事会的主要任务：推举主席、副主席、秘书长，聘请名誉主席；组织筹募善款（董事既是捐赠者，更重要的是肩负着组织筹募善款任务的志愿者）；审议工程资金的分配方案和决算情况；巡察工程活动组织情况和慈爱儿童福利院的建设管理情况；审议工程办公室的工作报告，总结推广工作经验；提出中华慈善总会授予荣誉称号的建议名单；中华慈善总会委托的其他事项。
（二）监事会
监事会是工程的监督机关。监事由中华慈善总会及民政部门有关人员和社会各界的知名人士担任，每届任期五年。监事会设名誉主席、主席、副主席、秘书长。
监事会的主要任务：工程启动初期担负宣传舆论发动和协调各部门、社会各界共同开展慈爱孤儿活动等任务；工程正常运转后，主要是监察工程的各环节依法有序地健康运作，切实保障捐赠者和受助者的合法权益。
（三）工程办公室
工程办公室是董事会和监事会的办事机构，组织开展慈爱孤儿工作。
·“微笑列车”项目介绍
“微笑列车”是美籍华人王嘉廉先生于1999年在美国发起并正式注册的非盈利性慈善组织。这个组织的宗旨是为贫困的唇腭裂患者实施矫治手术。具体工作有三个方面：1、出资培训当地医生；2、为患者提供手术费用；3、为唇腭裂研究提供一定的资金。美国“微笑列车”组织的目标是最终消灭唇腭裂。
中华慈善总会与美国“微笑列车”的合作开始于1999年初，当时，双方达成协议：由美国“微笑列车”出资，中华慈善总会负责组织实施，为我国贫困的儿童唇腭裂患者进行初期矫治手术。目前，此项工作已经发展成为一个集慈善、民政、医疗多部门大协作的全国性慈善项目。它的手术地区已经从最初的4个省的4家医院拓展到全国30个省、市、自治区的140多家医院，手术患者的年龄也从最初的贫困儿童扩大到40周岁的贫困成年患者，且已有8万余名贫困患者完成
